Berdasarkan Catatan BPK ada pokok-pokok kelemahan dalam sistem pengendalian intern atas Laporan Keuangan Pemerintah Kota Bogor yang ditemukan BPK salah satunya adalah :
- Penatausahaan Kas Pemerintah Kota Bogor Belum Tertib;
Penatausahaan Kas Daerah Pemkot Bogor dilaksanakan oleh Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (BPKAD) sesuai dengan Keputusan Walikota Nomor 954.45-8 Tahun 2018 tanggal 2 Januari 2018 tentang Penunjukan Pejabat Pengelola Keuangan Daerah atau Bendahara Umum Daerah dan Kuasa Bendahara Umum Daerah pada Pemerintah Kota Bogor Tahun Anggaran 2018.
Dalam Keputusan tersebut, Kepala BPKAD ditetapkan sebagai Bendahara Umum Daerah (BUD) dan Kepala Bidang Perbendaharaan dan Akuntansi BPKAD ditetapkan sebagai Kuasa Bendahara Umum Daerah (Kuasa BUD). Hasil pemeriksaan atas pengelolaan kas pada Pemkot Bogor, ditemukan hal-hal berikut:
a). Pembukaan rekening giro RSUD pada Bank Mandiri belum memperoleh izin/penetapan Walikota. Hasil pemeriksaan, menunjukkan terdapat satu rekening yang belum memperoleh izin penetapan dari Walikota Bogor yaitu rekening giro RSUD pada Bank Mandiri (escrow account). Dana pada rekening tersebut merupakan pinjaman jangka pendek/dana talangan
untuk pembayaran tagihan dari BPJS.
b). Sisa UP terlambat disetor ke Kas Daerah sebesar Rp537.318.848,00 Berdasarkan catatan BPK Hasil pemeriksaan atas SPJ Fungsional, Buku Kas Umum dan Bukti Setor Pengembalian Sisa Uang Persediaan (UP) pada Bendahara Pengeluaran OPD Pemerintah Kota Bogor pada akhir TA 2018 diketahui bahwa terdapat sisa UP terlambat disetor dan menjadi Kas di Bendahara Pengeluaran sebesar Rp537.318.848,00
c). Terdapat rekening yang dikenakan Pajak Penghasilan (PPh) atas bunga sebesar Rp52.525.461,34 dan biaya administrasi sebesar Rp33.777.533,00
hal ini bertentangan dengan Surat Edaran Dirjen Pajak No. SE 28/PJ.4/1996 tanggal 15 Juli 1996 tentang Pemotongan/Pemungutan PPh terhadap Badan/Lembaga Pemerintah yang antara lain menyatakan apabila suatu badan/lembaga memenuhi syarat-syarat dimaksud pada Undang-undang Nomor 7 Tahun 1983 Pasal 2 ayat (3) huruh b diatas maka tidak termasuk subjek pajak penghasilan. Dengan demikian penghasilan yang diterima atau diperoleh oleh Badan/lembaga tersebut bukan merupakan objek Pajak Penghasilan, dan oleh sebab itu tidak dipotong atau dipungut PPh.
d). Jasa giro atas Dana BOS Kota senilai Rp37.343.728,00 belum disetor ke Kas Daerah
Pemkot Bogor telah menetapkan 231 rekening sekolah negeri penerima BOS APBD berdasarkan Keputusan Walikota Nomor 421.45-367 Tahun 2017 tanggal 21 Desember 2017. Hasil pemeriksaan atas rekapitulasi sisa dana BOS kota dan penerimaan jasa giro pada rekening dana BOS APBD yang dibuat oleh Manajer BOS Kota, diketahui bahwa pada 31 Desember 2018 terdapat penerimaan jasa giro pada rekening BOS Kota senilai Rp37.343.728,00 pada 20 SMPN dan 211 SDN yang disajikan pada lampiran S. 1. 4. Atas jasa giro tersebut, belum dilaporkan sebagai Pendapatan Daerah dan disetor ke Kas Daerah. Terhadap permasalahan tersebut, Pemkot Bogor telah mencatat jasa giro BOS Kota sebagai Pendapatan Lain-lain PAD yang Sah.
