Karena tidak memiliki gereja sendiri, tentunya mereka merasa kurang nyaman dengan kondisi tersebut. Ditambah lagi karena sebagian besar masyarakat Eropa saat itu sudah berdiam di kawasan kota yang baru (Weltevreden) dan meninggalkan kota Batavia. Umat Protestan Hervormd dan Lutheran telah sepakat untuk mempunyai sebuah gereja yang akan digunakan bersama-sama.
Pembangunan gereja tersebut dimulai pada tahun 1834 berdasarkan rancangan dari J.H. Horst, seorang kepala kantor pegadaian dan pengukur tanah. Untuk pekerjaan merancang gereja ini, Horst mendapat imbalan sebesar f 10.000,-. Dalam perkembangannya, pembangunan gereja tersebut sempat mengalami kekurangan dana karena dana kedua umat tidak mencukupi untuk pembangunan gereja tersebut. Untuk itu pada tahun 1838, mereka meminta agar bantuan dana dari pemerintah yang pada akhirnya diputuskan sebagai pinjaman dapat dicairkan sebelum waktunya.
Gereja Immanuel Jakarta ini dapat diselesaikan dan diresmikan pada tahun 1839 dengan nama Willemskerk. Nama Willemskerk diberikan kepada gereja baru itu untuk menghormati Raja Willem I yang mempunyai keinginan untuk mempersatukan umat-umat Protestan agar dapat membentuk satu gereja yang berlandaskan gagasan liberal seperti persaudaraan, toleransi, dan kesamaan kedudukan.
Usaha untuk mempersatukan dua umat protestan ini tidak berhasil di Belanda, tetapi usaha tadi tidak sepenuhnya gagal di Hindia Belanda. Dengan pembangunan gereja ini, umat Protestan Lutheran dan Hervormd disatukan dalam sebuah gereja. Selain umat protestan Hervormd dan Lutheran, umat protestan Evangeli pun turut menggunakan gereja ini sebagai tempat ibadahnya.
Pada masa pendudukan Jepang, gereja ini sempat digunakan untuk menyimpan abu jenasah tentara Jepang yang gugur dalam peperangan. Pada masa tersebut, bangunan ini dikenal dengan nama Kuil Churei-do. Setelah proklamasi kemerdekaan, gereja ini dikembalikan fungsinya sebagai tempat beribadat umat kristen. Nama Willemskerk berubah menjadi Gereja Immanuel pada tahun 1948, pada saat didirikan Gereja Protestan Indonesia Barat. (*)
