Haedar tidak jadi pulang kampung dan menjadi camat karena menikah dengan Siti Noordjannah Djohantini, aktivis Ikatan Pelajar Muhammadiyah aseli kelahiran Yogyakarta, yang membuat dirinya betah menetap di kota ini sampai sekarang. Dari pernikahan dengan Siti Noordjannah lahir Hilma Nadhifa Mujahidah dan Nuha Aulia Rahman, keduanya dokter lulusan UMY dan UGM.
Minatnya pada ilmu pengetahuan bidang Sosial mendorong untuk melanjutkan studi hingga meraih gelar Master tahun 1998 dan gelar Doktor tahun 2006 di Universitas Gadjah Mada Yogyakarta yang juga dengan predikat cumlaude.
Disertasi Haedar di UGM diterbitkan menjadi buku yang telah dua kali terbit, yakni Islam Syariat. buku ini sulit disanggah. Referensinya sangat kaya dan metodologinya pun sangat kuat, kata Prof.Dr Mahfud MD. Prof. Mahfud sampai menulis kolom khusus di majalah ternama tentang disertasi Haedar itu.
Sejak usia belia Haedar adalah sosok pemuda yang gemar berorganisasi. Ikatan Pelajar Muhamamdiyah yang merupakan sayap organisasi otonom Muhammadiyah adalah organisasi pelajar yang ditekuninya semenjak dari ranting sampai pimpinan pusat.
Selain aktif di organisasi, Haedar adalah sosok yang rajin membaca dan menulis. Ketekunannya dalam dunia literasi telah mengantarkannya menjadi seorang penulis prolific. Tebaran goresan penanya, banyak menghiasai rubrik-rubrik koran baik lokal maupun nasional.
